Uno de los grandes retos para Colombia Bio es que las regiones incorporen el conocimiento y el aprovechamiento sostenible de su biodiversidad como parte de su apuesta de desarrollo. El objetivo principal es que los planes de desarrollo, planes y acuerdos de CTeI de los departamentos, y otros lineamientos o documentos de política regionales, incluyan la biodiversidad y los servicios ecosistémicos como un eje articulador de su desarrollo y generador de bienestar humano.
 
Para tal fin, Colombia Bio, como parte de su estrategia de acompañamiento a las regiones, ha establecido una serie de instrumentos técnicos, los cuales constituyen la oferta de Colombia Bio para los departamentos interesados en desarrollar sus propias estrategias de Bioeconomía, de esta manera encontramos: 
 
Proyecto oferta Expediciones BIO, tiene como fin generar insumos basados en el conocimiento científico de la biodiversidad para el diseño e implementación de estrategias para la gestión integral de la biodiversidad y los servicios ecosistémicos.
Proyecto oferta Turismo Científico de Naturaleza, busca diseñar e implementar, en co-creación con la comunidad, alternativas económicas basadas en la gestión sostenible de los activos bioculturales.
Convocatoria Regional de Investigación (I+D+i), la cual busca fortalecer las  capacidades de  la  región en  investigación  e  incrementar  la  producción  científica  a través  de  la  financiación  de  proyectos  de  investigación y  desarrollo  tecnológico,  en  las  líneas priorizadas en biodiversidad y temas conexos, establecidas en los diferentes documentos de política o lineamientos estratégicos del Departamento.
 
Estos instrumentos permitirán a los diferentes actores de las regiones, por medio de un trabajo conjunto, articulado y basado en la CTeI, y por medio de la canalización de recursos de regalías y otras fuentes, brindar los insumos necesarios para que, tanto los gobiernos regionales como el sector productivo y las comunidades -como beneficiarios finales-, se apropien del adecuado manejo y gestión de su capital natural, facilitando el desarrollo sostenible de sus territorios bajo esquemas de gobernanza adaptativa, resiliencia y adaptados al cambio climático.